Лаборатория Абу-Даби совместно с партнером, использующим искусственный интеллект, достигла научного прорыва, обнаружив редкий вид грибка в сточных водах эмирата.
Этот штамм был выявлен в рамках ранней системы наблюдения Департаментом разведки по мониторингу и надзору (Rasid) в Центральной испытательной лаборатории Совета по качеству и соответствию Абу-Даби, при сотрудничестве с M42.
Командам удалось обнаружить и выделить недавно идентифицированный и редкий генетический кластер Candida auris — патогенный грибок, устойчивый к противогрибковым средствам, используя систему раннего мониторинга сточных вод Абу-Даби.
Candida auris привлекла внимание всего мира благодаря своей способности развивать устойчивость к множеству противогрибковых агентов и сложностям, связанным с контролем этого возбудителя в определенных медицинских учреждениях. Всемирная организация здравоохранения классифицировала его в Группе критического приоритета среди грибковых патогенов.
Исследование, опубликованное в Communications Medicine, входящем в состав Nature Portfolio, сообщило о первом известном региональном обнаружении кластера VI Candida auris посредством экологического мониторинга сточных вод, основанном на данных, доступных исследователям на момент проведения изучения. Эти результаты углубляют научное понимание генетического разнообразия патогена и помогают оценивать возникающие риски для здоровья.
Полученные данные подчеркивают значимость мониторинга сточных вод как дополнительного и дополняющего источника информации наряду с клиническим и медицинским наблюдением. Этот метод способен отслеживать индикаторы патогенов и устойчивости к противомикробным препаратам, включая противогрибковую резистентность, тем самым повышая готовность и обеспечивая проактивный ответ.
Исследование базировалось на систематическом анализе более чем 23 000 образцов сточных вод. Исследователи успешно изолировали грибок непосредственно из сточных вод и подтвердили его идентичность в лаборатории, а не просто обнаружили его генетические следы.
Научная методология включала идентификацию изолятов, секвенирование всего генома (WGS), геномный и филогенетический анализ для определения классификации клада, тестирование чувствительности к противогрибковым препаратам и изучение генетических маркеров, связанных с устойчивостью.
Анализы позволили выявить различные генетические клады грибка, включая Кластер VI, а также обнаружили генетические маркеры и различные паттерны, связанные с устойчивостью к определенным противогрибковым препаратам.
Самара Бин Салем, директор Rasid, отметила, что научная ценность этого достижения заключается в способности экологического мониторинга фиксировать возникающие индикаторы здоровья и закономерности лекарственной устойчивости, превращая их в информацию, которую можно изучить и оценить.
Она пояснила, что сочетание лабораторной изоляции, секвенирования всего генома и тестирования чувствительности к противогрибковым препаратам позволило идентифицировать Кластер VI и получить более точное представление о его геномных характеристиках и паттернах устойчивости.
Бин Салем добавила, что Rasid стремится разработать научную сенсорную систему, которая выходит за рамки простого определения наличия чего-либо в образцах, чтобы понять изменения на уровне популяции, возникающие риски и индикаторы, которые могут потребовать ранней готовности.
Доктор Бхуванеш Шанмугам, один из ведущих исследователей, участвовавших в исследовании, и старший микробиолог и менеджер лаборатории в M42, заявил, что идентификация Кластера VI вносит вклад в научные знания о генетическом разнообразии Candida auris и ее присутствии вне клинических условий.
Он также отметил, что интеграция геномных данных с тестированием чувствительности к противогрибковым препаратам дает более глубокое понимание факторов, связанных с устойчивостью, и поддерживает мониторинг возникающих паттернов или геномных изменений потенциального будущего значения.
Доктор Гжегожж Brudecki, исследователь, участвовавший в исследовании, и заместитель директора по экологическим наукам в M42, подчеркнул, что непрерывный мониторинг помогает выявлять изменения, тенденции и необычные сигналы с течением времени, отличая ожидаемые закономерности от индикаторов, требующих дальнейшего анализа.
Он отметил, что объединение регулярного наблюдения с передовым геномным анализом повышает научную ценность экологических данных и позволяет изучать изменения в патогенах, геномных паттернах и индикаторах устойчивости.
Сумайя Аль Мансури, один из ведущих исследователей, участвовавших в исследовании, сказала, что интеграция сбора проб, непрерывного мониторинга, выделения грибка, секвенирования всего генома и тестирования чувствительности к противогрибковым препаратам позволила провести более точную характеристику и геномную классификацию изолятов и их паттернов устойчивости.
Она добавила, что полученные результаты демонстрируют потенциал мониторинга сточных вод для предоставления информации о генетическом разнообразии, индикаторах противомикробной устойчивости и возникающих рисках, поддерживая более проактивные подходы к экологическому надзору.